Design and analytical validation of a duplex PCR for Ehrlichia and Rickettsia detection in ticks / Diseño y validación analítica de una PCR dúplex para la detección de Ehrlichia y Rickettsia en garrapatas / Projeto e validação analítica de uma PCR duplex para detecção de Ehrlichia e Rickettsia em carrapatos

Abstract Background: Ehrlichia and Rickettsia are two major rickettsial genera transmitted by ticks that affect a number of wild and domestic animal species and human populations around the world. Objective: To design and validate a duplex PCR for Ehrlichia and Rickettsia in ticks. Methods: Assay validation included testing for sensitivity, specificity, reproducibility, and robustness of the PCR. The groEL and 23sr RNA genes were used for Ehrlichia and Rickettsia, respectively. Results: The limit of detection was one hundred gene copies per 50 μL of reaction for Ehrlichia spp, and one gene copy of Rickettsia per 50 μL of reaction. In general, the primers of the test only amplified in silico those bacterial agents for which they were originally designed, with the exception of the primers for Rickettsia that also amplified Methylocystis sp. The test was reproducible (intermediate precision) 96.7% of the times for both agents. The test was robust enough to tolerate concentration changes of all reagents with the exception of Taq DNA polymerase. Conclusions: The validation results indicated that this PCR is useful for detection in both bacterial genera and it is a good candidate for diagnostic validation.

Resumen Antecedentes: Ehrlichia spp. y Rickettsia spp. son dos de los principales géneros rickettsiales transmitidos por garrapatas que afectan a animales silvestres, domésticos y humanos alrededor del mundo. Objetivo: Diseñar y validar una prueba PCR dúplex para Ehrlichia y Rickettsia en garrapatas. Métodos: La validación de la prueba incluyó ensayos de sensibilidad, especificidad, reproducibilidad y robustez. En la PCR se usó groEL y ARNr 23S como genes blanco para Ehrlichia y Rickettsia, respectivamente. Resultados: El límite de detección fue de 100 copias del gen por 50 μL de reacción para Ehrlichia spp y una copia del gen de Rickettsia por 50 μL de reacción. En general, los cebadores de la prueba solo amplificaron in silico los agentes bacterianos para los cuales fueron originalmente diseñados, con la excepción de los cebadores de Rickettsia que también amplificaron Methylocystis sp. La prueba fue reproducible (precisión intermedia) en un 96.7% de las veces para ambos agentes. La prueba fue suficientemente robusta como para tolerar cambios de concentración de los diferentes reactivos, con excepción de la Taq DNA polimerasa. Conclusión: Los resultados de validación indican que la PCR es útil para detectar ambos géneros bacterianos y podria usarse para validación diagnostica.

Resumo Antecedentes: Ehrlichia e Rickettsia são dois dos principais gêneros de rickettsias transmitidos por carrapatos que infectam tanto animais selvagens quanto animais domésticos e até homens em todo o mundo. Objetivo: O objetivo principal foi elaborar e validar uma PCR duplex para Ehrlichia e Rickettsia em carrapatos. Métodos: A validação incluiu testes de sensibilidade, especificidade, reprodução e robustez. Para o PCR, utilizamos os genes groEl e 23Sr-RNA para Ehrlichia e Rickettsia, respectivamente. Resultados: O limite de detecção foi de 100 cópias de genes por 50 ml de reação para Erliquia spp e uma cópia de gene de Rickettsia por 50 ml de reação. Em geral, os iniciadores dos testes amplificaram em modelos computacionais os agentes bacterianos para os quais eles foram projetados, exceto os primers de Rickettsia que também amplificou Methylocystis sp. Os testes foram reproduzíveis (precisão intermediária) 96,7% para ambos os agentes e foram também robustos para tolerar mudanças de concentração em todos os reagentes, exceto o reagente Taq DNA polymerase. Conclusões: Os resultados da validação indicaram que o PCR é útil para detecção em ambos os gêneros bacterianos, portanto, um bom exame para validação diagnóstica.

Desarrollo y estandarización de métodos de calibración para equipos utilizados en salud visual (queratómetros, lensómetros y tonómetros), implementados en el hospital universitario de san vicente fundación / Development and standardization of calibration methods for equipment used in visual health (keratometers, lensometers and tonometers), implemented in the hospital universitario de san vicente fundación / Desenvolvimento e estandardização de métodos de calibração para equipamentos utilizados em saúde visual (keratometômetros, lensômetros e tonômetros), implementados no hospital universitario san vicente fundación

Resumen En el campo de la salud visual se utilizan una serie de equipos que ayudan al diagnóstico de la patología del paciente, pero actualmente no existe un método de calibración estandarizado para asegurar las mediciones que se realizan con estos dispositivos. El objetivo era estandarizar métodos de calibración para algunos de los equipos utilizados en el campo de la salud visual como son: queratómetros, lensómetros y tonómetros. Para la calibración de los tres tipos de equipos incluidos en este desarrollo, se utilizaron métodos de comparación directa de la indicación con la magnitud de los patrones utilizados que tenían trazabilidad con laboratorios nacionales e internacionales acreditados bajo la Norma NTC-ISO/IEC 17025:2005. Las mediciones realizadas por cada uno de los técnicos a los diferentes tipos de equipos en condiciones de repetibilidad y utilizando el método adoptado, se hicieron estadísticamente con la herramienta Anova Simple de Statgraphics, arrojando resultados satisfactorios con un valor-P por encima de 0,05, igualmente se realizaron pruebas de exactitud, linealidad y robustez con resultados positivos. Los métodos adoptados fueron exitosamente validados y posteriormente estandarizados bajo la acreditación en la Norma NTC-ISO/IEC 17025:2005.

Abstract In the field of visual health a series of equipment are used to aid in the diagnosis and treatment of the patient's pathology. Urrently there is no standardized calibration method to ensure the measurements performed with these devices. The objective was to standardize calibration methods for some of the equipment used in the field of visual health such as keratometers, lensometers and tonometers. For the calibration of the three types of equipment included in this development, methods of direct comparison were used of the indication with the magnitude of the standards that had traceability with national and international laboratories accredited under the NTC-ISO / IEC 17025: 2005 standard. The measurements made by each of the technicians to the different types of equipment were done under repeatable conditions and using the adopted methods. Results were analyzed statistically with the simple Anova tool of Statgraphics, yielding satisfactory outcomes with a P-value above 0.05. Tests of accuracy, linearity and robustness were also performed with positive results. The adopted methods were successfully validated and later standardized under the accreditation in NTC-ISO / IEC 17025: 2005 standard.

Resumo No campo da saúde visual utilizam-se uma série de equipas que ajudam ao diagnóstico da patologia do paciente, mas, atualmente não existe um método de calibração padronizado para assegurar as medidas que se realizam com estes dispositivos. O objetivo foi estandardizar métodos de calibração para alguns das equipas utilizadas no campo da saúde visual como são: ceratômetro, lenteômetros e tonometros. Para a calibração dos três tipos de equipamentos incluídos neste desenvolvimento, utilizaram-se métodos de comparação direta da indicação com a magnitude dos padrões utilizados que tinham rastreabilidade com laboratórios nacionais e internacionais acreditados baixo a Norma NTC-ISO/IEC 17025:2005. As medidas realizadas por cada um dos técnicos aos diferentes tipos de equipamentos em condições de repetir-se e utilizando o método adoptado, se analisaram estatisticamente com a ferramenta anova simples de statgraphics, produzindo resultados satisfatórios com um valor-P acima de 0,05, igualmente se realizaram provas de exatidão linearidade e robustez com resultados positivos. Os métodos adoptados foram validados de maneira exitosa e posteriormente padronizados baixo a acreditação na Norma NTC-ISO/ IEC 17025:2005.

Aplicación del procedimiento FePIA en la medición de la robustez en cadenas de suministro

Introducción. La incertidumbre en las cadenas de suministro es un factor importante que puede influenciar la efectividad de su configuración y coordinación. Una manera de abordarla en el proceso de diseño de una cadena de suministros es tomando en consideración el concepto de robustez, entendido como la preservación de ciertas características deseadas del sistema, a pesar de que se presenten fluctuaciones en el comportamiento de sus partes componentes o del ambiente. Objetivo. Evaluar el Procedimiento FePIA (Features, Perturbation, Impact, Analysis) en la determinación de la robustez en el problema de planeación de la capacidad y localización de almacenes en cadenas de suministro. Materiales y métodos. El procedimiento FePIA fue evaluado mediante un modelo de programación lineal entera-mixta multiperíodo y de único producto de una cadena de suministros compuesta por tres eslabones. Resultados. La aplicación de este procedimiento permitió definir requerimientos de robustez, características de desempeño y parámetros de perturbación; sin embargo, no se pudo encontrar una relación general entre los parámetros de perturbación y las características de desempeño para el 62 % de las instancias utilizadas. Por tanto, no fue posible obtener con la metodología original una región de robustez para el problema tratado. Un análisis posterior permitió observar que la estructura de la cadena está asociada a dicha problemática. Conclusiones. El procedimiento FePIA debe ser modificado para su completa aplicación al problema de planeación de la capacidad y localización de almacenes en cadenas de suministro.

Introduction. Uncertainty on supply chains is an important factor that can influence the effectiveness of their configuration and coordination. A way to approach it in the design process of supply chains is taking into account the concept of robustness, understanding it as the preservation of certain desired characteristics in the system, in spite of the fluctuations in their components or in the environment. Objective. Evaluate the FePIA (Features, Perturbation, Impact, Analysis) procedure in the determination of the robustness in capacity planning and warehouse location problem in supply chains. Materials and methods. The FePIA procedure was evaluated by means of a multi-period mixed integer programming and of only one product model, applied on a supply chain composed of three links. Results. The application of such procedure allowed the definition of robustness requirements, performance features and perturbation parameters. It was not possible, however, to find a general relationship between the perturbation parameters and the performance features for 62% of the instances used. Therefore, it was not possible to obtain a robustness region with the original methodology. Further analysis could demonstrate that the structure of the chain is associated to that problem. Conclusions. The FePIA procedure must suffer modifications for being fully applied to the capacity planning and warehouse location problem in supply chains.

Introdução. A incerteza nas cadeias de suprimentos é um fator importante que pode influenciar a efetividade de sua configuração e coordenação. Uma maneira de abordar isso no processo de desenho de uma cadeia de suprimentos é tomando em consideração o conceito de robustez, entendido como a preservação de certas características desejadas do sistema, apesar de que se apresentem flutuações no comportamento de suas partes componentes ou do ambiente. Objetivo. Avaliar o Procedimento FePIA (Features, Perturbation, Impact, Analysis) na determinação da robustez no problema de planejamento da capacidade e localização de armazéns em cadeias de suprimentos. Materiais e métodos. O procedimento FePIA foi avaliado mediante um modelo de programação lineal inteiramista multi-período e de único produto numa cadeia de suprimentos composta por três elos. Resultados. A aplicação deste procedimento permitiu definir requerimentos da robustez, características de desempenho e parâmetros de perturbação; porém, não se pôde encontrar uma relação geral entre os parâmetros de perturbação e as características de desempenho para 62 % das instâncias utilizadas. Por tanto, não foi possível obter com a metodologia original uma região da robustez para o problema tratado. Uma análise posterior permitiu observar que a estrutura da cadeia está associada com a referida problemática. Conclusões. O procedimento FePIA deve ser modificado para sua completa aplicação no problema de planejamento da capacidade e localização de armazéns em cadeias de suprimentos.

Validación e implementación de una metodología para el análisis microbiológico de un producto líquido preservado, elaborado en una industria farmacéutica / Validation and implementation of a methodology for the microbiological analysis of a preserved liquid product produced in a pharmaceutical industry

Objetivo: validar e implementar una metodología para el análisis microbiológico de un producto líquido preservado con parabenos, elaborado en una industria farmacéutica, según las técnicas de análisis propuestas por la United States Pharmacopeia (USP), versión XXXIV, 2011. Métodos: para los ensayos cuantitativos se trabajó con Staphylococcus aureus y Candida albicans, y para los ensayos cualitativos con Escherichia coli, Staphylococcus aureus y Pseudomonas aeruginosa. Resultados: se obtuvieron resultados acordes con lo establecido por la USP. La metodología descrita se consideró reproducible y robusta al tener la capacidad de no ser afectada por variaciones al desarrollar la técnica, lo cual genera resultados confiables y precisos. Conclusiones: todos los parámetros de validación cumplen la especificación según la USP, lo que muestra conformidad en la totalidad de los parámetros evaluados.

Objective: to validate and to implement a methodology for microbiological analysis of a liquid product preserved with parabens produced by a pharmaceutical company, based on the United States Pharmacopeia analytical methods, XXXIV version, 2011. Methods: the quantitative tests were carrying out for Staphylococcus aureus and Candida albicans, and qualitative tests for Escherichia coli, Staphylococcus aureus and Pseudomonas aeruginosa. Results: the results were consistent with those established by the USP. The described methodology was considered reproducible and robust because of its capacity of being unaffected by variations when implementing the technique, thus generating reliable and accurate results. Conclusions: all validation parameters met the USP specification, showing compliance with all the evaluated parameters.

Robustez de cinco estadísticos univariados para analizar diseños Split-Plot en condiciones adversas / Robustness of five univariate statistics in analyzing Split-Plot desings under adverse conditions

En esta investigación examinamos el comportamiento de cinco estadísticos univariados para analizar datos en un diseño Split-Plot. Cuatro de ellos asumen que la matriz de desviación subyacente es no esférica. Sin embargo, existe una clara distinción entre dos alternativas, dos procedimientos presuponen que la correlación entre los datos no sigue un patrón determinado y otros dos asumen que existe autocorrelación serial de primer orden. Todos ellos fueron comparados con respecto a su robustez para poner a prueba las fuentes de variación intra-sujeto (tratamiento e interacción) bajo distribución no normal en ausencia de esfericidad y en ambas situaciones, bajo correlación serial de primer orden y bajo correlación arbitraria. Los resultados muestran que cuando la distribución es no normal simétrica todos los procedimientos muestran una tasa de error de Tipo I similar a la obtenida bajo distribución normal. Conforme el grado de sesgo y curtosis incrementa, todos los procedimientos experimentan una alteración en su estimación de la tasa de error de Tipo I y que depende de la estructura de la matriz de covarianza que subyace a los datos. En el conjunto de condiciones sometidas a estudio los procedimientos más robustos fueron HCH, JN y LEC.

In this research we examine the behaviour of five univariate statistics for analyzing the data of a Split-Plot design. Four of them assume that the dispersion matrix underlying is not spherical. However, they do so with a clear distinction between two alternatives, insofar as two of them presuppose that the correlation between the data does not have a certain structure and other two assume that there exists first-order serial autocorrelation. All of them were compared with regard to their robustness to test the sources of variation within-subject (treatment and interaction) under non-normality in the absence of sphericity, both when there was first-order serial autocorrelation and when the underlying correlation was arbitrary. The results show that when the distribution is non-normal symmetric all the procedures show a Type I error rate similar to the obtained one under normal distribution. As the degree of skewness and kurtosis increases, all the procedures experience an alteration in their estimation of the Type I error rate and that it depends on the structure of covariance matrix underlying in the data. In the set of conditions submitted to study the most robust procedures were HCH, JN and LEC.